Sin embargo, otros indels son multialélicos, debido a la inserción en tándem de un número variable de segmentos de DNA en una localización particular, lo que constituye lo que se denomina microsatélite. Consisten en segmentos de DNA compuestos por unidades de 2, 3 o 4 nucleótidos, como TGTGTG, CAACAACAA, o AAATAAATAAAT, que se repiten entre una y varias docenas de veces en una localización particular del genoma
Los distintos alelos en un polimorfismo de microsatélite se deben a los diferentes números de unidades de nucleótidos repetidas que están presentes en cualquier microsatélite, por lo que en ocasiones se denominan polimorfismos cortos de repetición en tándem (STR).