Muchas de sus opiniones son controvertidas, como su defensa del fisicalismo o materialismo mecanicista, teoría segun la cual la naturaleza e todo lo que existe en el mundo es exclusivamente física y que no deja espacio la existencia de otras entidades naturales, como la mente, el alma, ni sobrenaturales. Segun Hobbes, todos los animales, inclusive humanos, no son mas que maquinas de carne y hueso.