As bandeiras não eram expedições simples e apresentavam diversos perigos, sendo: desconhecimento do caminho, ataques de animais ferozes, a morte por doenças tropicais, o perigo de se perder em pantanais, e, só podiam viajar e navegar de dia, depois das nove horas da manhã.
Uma das grandes preocupação dos bandeirantes eram as fontes de subsistência durante as viagens, havendo longos períodos de fome. Assim, eles plantavam roças ao longo do caminho, para que pudessem ter suprimentos.
Antes de irem para as expedições, muitos escolhiam receber os últimos sacramentos, com preocupação de morrerem durante as viagens.