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10_Espressione Genica - Coggle Diagram

- - - - lunga
      - maggiore profondità di copertura
    - - caratteristiche di diverse lunghezze
      - la sequenza totale da condizioni differenti può essere confrontata
- - - - This provides a localization of a gene product
    - - metabolism (high order process)
    - - biochemical activity
- - - - calling genes as differentially expressed when they are not
    - - NOT calling gene as differentially expressed when they are
  - - - log coordinates (log2)
        
        2-fold up log2=1
      - is a measure describing how much a quantity changes between an original and a subsequent measurement.
  - - - Raw: Gene
      - Column:Experiment
    - - Colour
        
        Red : fold induced
        
        Black: ratio=1
        
        Green : Fold Repressed
    - - Reordering
      - metrics
        
        Euclidea
        
        Manhattan
        
        Pearson
      - Gerarchico
        
        Single
        
        Average
        
        Complete
        
        Centroid linkage
      - K-means
    - - Mutua informazione
        
        basata su entropia
    - - Metodo per visualizare dati di grande dimensione
      - è un algoritmo matematico che riduce la dimensionalità dei dati mantenendo la maggior parte della variazione dei dati.
      - identificare direzioni chiamate componenti principali, lungo le quali la variazione dei dati è massima.
      - Componenti principali
        
        sono combinazioni lineari delle variabili originali
        
        non sono correlate tra loro
      - I can explain a good percentage of variance (information)
- - - - Sperimentale
      - Controllo
    - - segmentation - identificazione pixels appartenenti alla probe
      - intensity extraction - calcolo di media mediana etc
      - grid alignment - ogni probe deve essere localizzato
      - background correction -sottrazione background
      - spot quality
      - Quality assessment -attraverso rappresenta. grafiche
        
        visual inspection
        
        box plots
        
        Scatter plots
        
        log2R vs log2G
        
        MA plot - M=log2(r/g) vs a=log2sqrt(rg)
    - - based on global adjustment
      - intensity-dependent (lowest)
    - - Replicare l'esperimento in cui valutiamo gli stessi pool di mRNA ma invertiamo i fluori utilizzati.
        
        I replicati sono esperimenti indipendenti e vengono scansionati, quantificati e normalizzati come al solito.
- - - - probe - singola sequenza di cui ho tante coppie nel feature
      - probe set - insieme di sonde che rappresenta un certo trascritto
        
        11-20 positive match probes
        
        25 bp long
      - Feature - Sezione del vetrino che ha un gran numero di sonde dello stesso tipo che rappresentano lo stesso trascritto
      - probe pair - Coppia di due sone, una di match perfetto e l'altra di mismatch. non si usa più
    - - GOAL è rimuovere i componenti non biologici del segnale
      - tecniche basate su
        
        Aggregazione
        
        Ridimensionamento
        
        Regolazione dello sfondo
      - Algoritmi
        
        RMA/GCRMA
        
        MAS5