Message - это структура, которая содержит различные сущности из цепочки документооборота (документы, черновики, шаблоны, подписи, извещения о получении, уведомления об уточнении, отказы в подписи и т.п.)
Document - это структура, которая описывает документ конкретного типа (например, акт, накладная, СФ, УПД, неформализованный документ)
Entity - конкретная сущность из цепочки документооборота (сам документ, подпись, извещение о получении и т.п.)