Após uma série de estudos referentes as características que os organismos apresentam em comum a partir de suas linhagens ancestrais, a classificação dos filos foi atualizada. Atualmente os organismos são classificados em 7 filos, onde esta presente o Microsporidia, Blastocladiomycota, Neocallimastigomycota, Chytridiomycota, Glomeromycota, Basidiomycota e o Ascomycota, o Zygomycota não é mais aceito nesta classificação.