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08_Proteine - Coggle Diagram

- - - - Motif appare in diverse proteine in natura
      - Domain combinazione più complessa di strutture secondarie
        
        una proteina puo contenere più di un dominio
        
        Un dominio è un'unità strutturale indipendente, trovata da sola o in combinazione con altri domini o ripetizioni. I domini sono evolutivamente correlati.
        
        domini omologhi con funzioni comuni
        mostra somiglianze di sequenza.
        
        Una famiglia è un gruppo di proteine correlate all'evoluzione che condividono una o più regioni di omologia.
- - - - Idrofobiche
      - Idrofiliche
- - - - Predizione struttura secondaria
        
        Chou Fasman
        
        le previsioni si basano sulle differenze nella composizione dei residui per tre stati di struttura secondaria.
        
        determinato la frequenza di ciascun tipo di amminoacido nei tre stati nelle strutture terziarie analizzate.
        
        L'algoritmo esegue la scansione di una sequenza proteica e identifica le regioni in cui almeno quattro residui contigui su sei hanno un punteggio per le eliche alfa al di sopra di un valore di soglia. Quindi estende la ricerca in entrambe le direzioni. Allo stesso modo per i fili e le curve beta.
        
        metodo PHD (Profile network di HeiDelberg)
        
        GOR Garnier, Osguthorpe and Robson
        
        Per valutarne l'accuratezza si utilizza
        
        Q3
        
        Matthews' correlation coefficient. Cs
- - - - Raggi X cristallografia
      - NMR spettroscopia
    - - omologia
        
        richiede una struttura proteica nota, la cui sequenza deve mostrare una somiglianza di circa il 30% con quella della proteina in studio
      - fold recognition method (threading)
        
        per proteine che condividono la conformazione ma non sono necessariamente omologhe
      - ab initio method
        
        si basa sui campi di forza dei dettagli atomic (solo informazioni di sequenza)
        
        Rosetta method
        
        In assenza di omologhi rilevabili
        
        based on
        
        Tutte le informazioni sulla struttura sono nella sequenza
        
        Una proteina si ripiega nella struttura con la più bassa energia libera