Semelhante à amplitude do poder detido pelas autoridades no Absolutismo, o governador-geral detinha também amplos poderes. Eles deveriam incentivar a implantação de engenhos, aglutinar os indígenas em povoados e aldeias, buscando neutralizar suas ameaças constantes, seja através do combate ou de alianças com as tribos e nações; reprimir os corsários, combatendo ainda o comércio ilegal de pau-brasil; deveriam ainda organizar e garantir as rendas da colônia, construir navios e fortes para a defesa da colônia, fundar povoações e defender os colonos, além de realizar expedições de busca a metais preciosos.
Para realizar essas funções foram criados alguns cargos de auxílio ao governador-geral. Dentre esses é necessário citar o de provedor-mor, o supervisor das finanças e da arrecadação de impostos; o ouvidor-mor, o responsável pela justiça; e o capitão-mor, o responsável pela defesa da colônia.
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