Please enable JavaScript.
Coggle requires JavaScript to display documents.
07_RNA - Coggle Diagram
07_RNA
non-coding RNA
smal nuclear RNA
small interfacing RNA
small nucleolar RNA
ribosomal RNA
transfer RNA (tRNA)
microRNA
(dwonregulation)
Un miRNA è in grado di regolare centinaia di diversi geni bersaglio
un singolo mRNA bersaglio può essere regolato da dozzine di diversi miRNA.
I miRNA si legano ai siti target 3’UTR
siti di attacco
canonica - sequenze. completa. interruzione sei completa
seed - sequenza completa stop
compensatoria - breve sequenza stop sequenza più lunga
componenti della regolazione dei geni
chiarire ruoli precisi per ogni miRNA
identificare i geni bersaglio
Conservazione fihogenetica - conservation of miRNA binding sites in the UTRs of orthologous genes
Stabilità termica del sito di associazione
Un duplex di RNA altamente stabile (o favorevole) è rappresentato come avente una minima energia libera di ibridazione (MFE) molto bassa
FastH, MicroTar, PITA, RNAhybrid e StarMir.
Topologia del sito di associazione - , PicTar, TargetScan e Miranda
Clustering e posizione dei siti di legame all'interno degli UTR - TargetScanS, TargetRank e PicTar
Co-espressione di miRNA e loro bersagli -per filtrare le interazioni improbabili
Accessibilità dei siti di destinazione - i siti di legame dei miRNA tendono a risiedere nelle regioni delle 3 UTR che si prevede siano strutturalmente accessibili
valutare l'impatto dei miRNA sui singoli bersagli
Omologie miRNA-TF
Attività combinatoria e cooperativa - aspetti tessuto specifici, un target ha più tf un messaggero ha diversi siti di attacco
Accessibilità - TF deve trovare cromatina per trascrivere
Pleiotropia - capacità di colpire più target quindi di regolare più geni
Expression motif
Buffering
TUNING
long noncodinRNA
(dwonregulation)
200 bp
La loro espressione tende ad essere altamente specifica per tipo di cellula.
puo essere
Intergenico
Geneico
Intronico
sovrapporsi
Esonico
RNA secondary structure prediction
Stabilità termodinamica
Teoria: il più stabile è il più probabile
Stima utilizzando tecniche sperimentali
Tecnica di allineamento della programmazione dinamica
two trends for genes
target
in media più 3’UTR e più siti / kb di 3’UTR sequenza
Le categorie target sono principalmente coinvolte nei
processi di sviluppo
Antitarget
breve 3’UTR e densità del sito inferiori
Gli antitarget sono coinvolti nei processi
di base comuni
a tutte le cellule
La presenza e l'assenza di siti target sono correlate alla funzione genica