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06_Teoria dell'informazione - Coggle Diagram
06_Teoria dell'informazione
Anatomy of eukaryotic gene
Sequenze regolatrici, controllano processo trascrizione
Translation
ATG
50 coppie di basi dopo il sito di inizio della trascrizione nel gene
la regione 5 'non tradotta (5’UTR)
determinare la velocità con cui viene avviata la traduzione.
Codoni di STOP
Promoter
responsabile del legame della RNA polimerasi
inizio della trascrizione.
Enhancer
DNA sequenze che attiva l'utilizzo di un promoter
Efficienza
velocità di trascrizione
Transcription initiation site
rappresenta l'estremità 5 ́ dell'RNA, che riceverà un "cappuccio" di nucleotidi modificati subito dopo essere stato trascritto
ACATTTG
Sequenze codificanti
Esoni
Introni
Splicing
Non tradotti
Regulation of Transcription
Sequenza DNA uguale in ogni cellula di individuo
Espressione genica puo variare nel tempo e spazio (tessuti differenti)
il meccanismo regola quali geni sono trascritti e sotto quali condizioni
processo più regolato
Transcription Factors
proteine regolatrici che si legano specificamente a brevi sequenze di DNA (siti di legame).
activators
repressors
many types affect many genes
geni regolati da diversi TF
Siti di legame
lunghi 6-20 nucleotidi
poche posizioni sono conservate
presenti su entrambi i filamenti e letti su entrambi (
DNA palindrome
)
è possibile scansionare una sequenza alla ricerca di potenziali siti di legame per valutare la somiglianza locale con il pattern modellato
Opportunities
Transcription
Translation
Protein stability
Protein modification
Epigenetica
Shannon Entropy
dato uno spazio di probabilità (S, P), l'entropia è una misura della diffusione della funzione di probabilità P sullo spazio campionario S
Information content
Sequence logo
viene rappresentata con le lettere colorate, hanno ampiezza differente. l’ampiezza è la frequenza.
terza posizione capisco che c’è un A
The unknown motif search problem
RNA secondary structure
insieme di coppie di basi che si formano tramite legami idrogeno quando la molecola si piega
ogni base forma al massimo una coppia
dipende
concentrazione ionica
da altri fattori ambientali
temperatura
Metodo della covarianza
In un corretto allineamento multiplo delle sequenze di RNA, le coppie di basi conservate sono spesso rivelate dalla presenza di frequenti mutazioni compensatorie correlate.
Mutual information
la mutua informazione M (X, Y) quantifica la quantità di dipendenza tra le due variabili casuali simboliche X e Y
statically independent
statically dependent