Existem muitas doenças autoimunes. Algumas das doenças autoimunes mais comuns incluem a doença de Graves, artrite reumatoide, tireoidite de Hashimoto, diabetes mellitus tipo 1, lúpus eritematoso sistêmico (lúpus) e vasculite. Outras doenças que se acredita serem autoimunes incluem a doença de Addison, polimiosite, síndrome de Sjögren, esclerose sistêmica progressiva, muitos casos de glomerulonefrite (inflamação dos rins) e alguns casos de infertilidade.