Please enable JavaScript.
Coggle requires JavaScript to display documents.
04_Filogenetica - Coggle Diagram
04_Filogenetica
What is it?
strumento per studiare la funzionalità del genoma
tratta lo studio delle relazioni evolutive
Albero 🌳 Filogenetico
Elementi
connessioni
con o senza radice
nodi
nodi terminali OTU
mostra relazioni tra diversi geni (foglie)
Topologia = struttura albero
Analisi Filogenetica
Fenetico
basato su misure che posso ottenere dal dato di sequenza
basato su UPGMA
clustering gerarchico
dendogramma con media
similarità
Cladistico
intende ricostruire un percorso evolutivo basato sulla genealogia
CLADE: insieme di specie che discendono dallo stesso ancestrale
basato su
ML
metodo probabilistico
modello evolutivo
Ltree=L0xL1x..
MP - Maximum Parsimonia
economizza #di sostituzioni che voglio nell'albero
assegna un costo a un dato albero
L'albero più parsimonioso è quello che richiede meno eventi evolutivi
Bootstrap
Tree evaluation
repeat the tree-building process many times
each time
using a new data set generated from the original one
randomly sampling columns in the original alignment “with replacement”.