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02_analisi_di_sequenze_algoritmi di allineamento ottimo - Coggle Diagram
02_analisi_di_sequenze_algoritmi di
allineamento ottimo
Perchè si fa
le proteine che conservano la posizione potrebbero avere un determinato scopo
predizione delle strutture (sequenze di proteine simili al 20-30%)
valutazione della somiglianza per trarre informazioni riguardo evoluzione
disegni sperimentali
detenzione di motivi conosciuti
Similarity and Homology
Similarità
: è una proprietà osservabile attraverso una misura significativa
Dot Plot
rappresentazione intuitiva del confronto di due sequenze
Punto = caratteri identici
Diagonali = tratti simili
Approccio
Word matching
Window matching
Evaluate alignments
Schemi di punteggio
molti allineamenti possono avere punteggio massimo
Omologhe
: somiglianza dovuta alla discendenza da un antenato comune
sequenze omologhe
Ortologhi
differenziati nella composizione della sequenza a causa dell'evoluzione selettiva
svolgono la stessa funzione biologica
in specie diverse
geni che condividono lo stesso gene ancestrale
Paraloghi
geni all'interno dello stesso genoma
condividono un gene ancestrale
diverse funzioni biologiche
Algoritmi di allineamento
Globale
due sequenze di lunghezze comparabili vengono allineate per trovare il miglior punteggio di somiglianza tra le sequenze intere
intere sequenze
Locale
due sequenze vengono allineate per trovare il miglior punteggio di somiglianza tra le sottosequenze; non è richiesto un allineamento che copra l'intera lunghezza di entrambe le sequenze
sottosequenze
BLOSUM
Matrice di sostituzione
Procedure for protein sequences scheme (different amino acid)
un set di sequenze di proteine raggruppate in relazioni di famiglia
da queste sequenze si ottengono blocchi (=regioni altamente conservate di sequenze allineate
i blocchi ottenuti vengono utilizzati per contare le occorrenze di ogni amminoacido e le occorrenze di ogni coppia di amminoacidi allineati nella stessa colonna
Le proporzioni osservate vengono confrontate con le proporzioni attese
Blosum62
62 indica la soglia
le sequenze aventi punteggio >62 vengono raggruppate in modo che contribuiscano come una singola sequenza
soglia
alta
confronto sequenze vicine
bassa
confronto sequenze lontane