คณะกรรมการสถานพยาบาลมีหน้าที่ในการให้คำปรึกษา ให้ความเห็นและให้คำแนะนำแก่รัฐมนตรีหรือผู้อนุญาตในเรื่องต่างๆ เช่น การออกกฎกระทรวงหรือประกาศ, การอนุญาตให้ประกอบกิจการ การดำเนินการสถานพยาบาล การปิดสถานพยาบาลหรือการเพิกถอนใบอนุญาต, ส่งเสริมการพัฒนาคุณภาพของสถานพยาบาล รวมทั้งการพิจารณาเรื่องร้องเรียนต่างๆ ทั้งนี้อาจมีการแต่งตั้งคณะอนุกรรมการเพื่อพิจารณาและเสนอความเห็นเกี่ยวกับเรื่องที่อยู่ในขอบเขตแห่งหน้าที่ของคณะกรรมการได้ และในการปฏิบัติหน้าที่ตามพ.ร.บ.นี้ คณะกรรมการและคณะอนุกรรมการมีอำนาจออกคำสั่งเรียกบุคคลมาให้ถ้อยคำหรือให้ส่งเอกสารหรือหลักฐานที่เกี่ยวข้องมาเพื่อประกอบการพิจารณา