Of genen tot expressie komen, hangt in de eerste plaats af van de chromatinestructuur. Zijn de nucleosoen sterk aan elkaar verbonden, dan is transcriptie onmogelijk. Door acetylgroepen vermindert de positieve lading van de eiwitten. Hierdoor verandert de chromatinestructuur van dicht naar los, waardoor transcriptie in dit dele van het DNA kan toenemen. In een celkern is een donker bolletje te zien, gevormd door heterochromatine, de nucleolus. Dat DNA bevat de genen voor het maken van rRNA. Aangekoppelde stoffen kunnen ook weer losgekoppeld worden, waardoor een cel de chromatinestructuur kan aanpassen. Deze structuurwijzigingen van het chromatine veranderen niets aan de DNA-code, maar bepalen welke genen tot uiting komen. Het zijn epigenetische factoren, die invloed hebben op de expressie van het genoom. Naast het wijzigen van de chromatinestructuur, kan een cel via epigenetische invloed ook de structuur van een DNA-molecuul veranderen. Alle celtypen hebben hetzelfde genoom, maar een ander epigenoom; in ieder type komt een andere set genen tot expressie, waardoor de celtypen zich verschillend ontwikkelen. Milieufactoren zoals voeding of stress beïnvloeden ook de mate van methylering van het DNA. Mensen kunnen via epigenetische regeling eigenschappen doorgeven aan hun kinderen. De epigenetica heeft de discussie over de nature-nature-invloed op het ontstaan van het fenotype een minder scherpe scheiding. Het proces van methylering is omkeerbaar. Een manier van uitschakelen van genen heet genomische imprinting.