La estructura del gránulo del almidón tiene áreas cristalinas y no cristalinas.
Las cristalinas están conformadas por cadenas lineales cortas de amilopectina, las cuales a su vez están organizadas en dobles hélices. Estas hélices se pueden ordenar en tres tipos: Almidón tipo A,B,C.
A: Almidones de cereales, forma monoclínica (4 a 8 moléculas de agua)
B: Tubérculos, forma hexagonal (36 moléculas de agua)
C: Almidones de ciertas raíces y semillas, mezcla intermedia de A y B.