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Estudio de las Comunidades Microbianas - Coggle Diagram
Estudio de las Comunidades Microbianas
Técnicas de la actividad microbiana
Sondeo con isótopos estables
¿Qué son isotopos estables?
Son formas no radiactivas de átomos. Aunque no emiten radiación, gracias a sus propiedades pueden utilizarse en una gran variedad de aplicaciones
¿Qué función tiene?
Su función principal es de trazadores naturales de los procesos fisicoquímicos que ocurren en la naturaleza.
¿Cuáles son los requerimientos?
Muestra biológica
Presencia de isotopos estables
Carbono (13C y 12C)
Hidrogeno (1H y 2H)
Nitrógeno (14N y 15N)
Azufre (34S y 32S)
Ventajas
Se emplean para rastrear el origen, la historia, las fuentes de los procesos fisicoquímicos.
Cuenta aplicación en gestión del agua y el suelo, ecología, evaluación nutricional y ciencia forense.
Desventajas
Se requiere un espectrómetro de masas preciso y procedimientos analíticos meticulosos.
La variabilidad en el campo puede ser considerable en algunos casos.
MAR-FISH
Ventaja
Nos permite identificar la población que metaboliza el sustrato marcado
Se detectan células activas, rARN mayor fluorescencia
Desventaja
se complica medir el mARN
¿Qué es?
Es una variante de FISH
El portaobjetos se trata con una emulsión autoradiográfica
Para identificar la población que metaboliza el sustrato marcado
Se necesita
Sonda de oligonucleótido
Emulsión autoradiografíca marcadas con fluorocromo
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NanoSIMS
Permite la medición intracelular de acumulaciones y flujos de moléculas que contienen varios isótopos estables.
Permite una resolución sin precedentes de las características celulares y subcelulares
Requerimientos
Microsonda
Muestra compatible con el vacío
Chips de silicio
Desventajas
Es más útil en conjunto con otras técnicas
Ventajas
Proporcionan diferente tipo de información
Se puede utilizar para cultivos puros, cocultivos y comunidades mixtas
Técnicas Moleculares
Electroforesis en gel en gradiente desnaturalizante
DGGE
¿Qué es lo que hace?
Permite la separación de fragmentos de ADN del mismo tamaño
Pero
Con diferentes secuencia de nucleótidos
¿Cuál es su función?
Se emplea para la identificación de mutaciones que afectan al patrón de migración del ADN en esas condiciones de electroforesis.
¿Cuáles son los requerimientos?
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Ventajas
La DGGE es un método altamente sensible y relativamente reproducible.
Permite analizar simultáneamente numerosas muestras, evaluando las diferencias y similitudes entre ellas.
Es ideal para realizar estudios preliminares de diversidad microbiana.
Desventajas
El equipo es costoso y uso complejo.
Reactivos
químicos altamente tóxicos.
Inferencias filogenéticas limitadas.
También es posible que ocurra la co-migración de fragmentos de ADN.
ARISA
¿Qué hace?
Analiza el ITS de los organismos, el cual varia entre cada especie
la región no codificante que esta entre los genes 16S rRNA y 23S rRNA
Se necesita
Primers fluorescentes.
Un analizador genético para la electroforesis.
Ventajas
nos indica la cantidad de cada organismo
nos da la longitud del ITS
no se necesitan enzimas de restricción después de la amplificación
Desventajas
si hay dos organismos con el mismo TSI los picos se empalmarían
FISH
Ventajas
Identificación rápida
Se puede aplicar sobre células en interfase
Facilita el análisis sobre un mayor número de células
Detecta directamente la presencia del patógeno en pequeñas muestras
¿Cómo funciona?
Detecta secuencias de ácidos nucleicos en células o tejidos preservados mediante el empleo de una sonda marcada con un fluorocromo, la cual
La sonda va dirigida hacia un lugar específico del cromosoma y que emite fluorescencia que puede ser observada por medio de un microscopio.
Requerimientos
Sonda específica para la secuencia de interés
Marcaje fluorescente de la sonda
Espécimen biológico
Desventajas
No proporciona análisis de todo el genoma
Debe estar dirigido a regiones genómicas seleccionadas