Los hongos microscópicos pueden ser: unicelulares, se llaman levaduriformes o levaduras; filamentosos, se llaman mohos y cada organismo contiene muchas células. Tanto las levaduras como los mohos presentan células eucariontes, es decir, con cromosomas múltiples, membrana nuclear bien definida, mitocondrias, retículo endoplásmico y pared celular. Son microorganismos que contienen paredes celulares rígidas hechas de glucógeno, de celulosa, de quitina, o mananas. La membrana celular fúngica, a diferencia de la bacteriana, presenta esteroles. Estos microorganismos carecen de clorofila y son heterótrofos.
Los hongos en sentido estricto son unos organismos eucariotas heterótrofos (ya que carecen de clorofila), que tienen digestión externa con absorción, y que producen un modelo (salvo raras excepciones ya que algunos son unicelulares), formado por hifas septadas o sifonales cuyas paredes celulares están revestidas por quitina y glucanos.
El talo de los hongos está formado por filamentos microscópicos que se ramifican en todas direcciones, ocupando el sustrato que le sirve de alimento o dentro del mismo si se trata de un hongo parásito; cada uno de estos filamentos se llama hifa y el conjunto forma micelio. Cada hifa está formada por una pared delgada, transparente, que guarda en su interior un protoplasma. Este protoplasma puede estar interrumpido por tabique transversales llamados septos.
La pared de las hifas es multilaminada, estando cada lámina formada por fibrillas diversamente orientadas. En general, la parte más interna de la pared está formada por unas fibras polimericas (quitina).
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