Al igual que los ecosistemas terrestres, Nicaragua cuenta con una importante riqueza biológica acuatica, Nicaragua cuenta con dos grandes lagos. Los lagos son un cuerpo de agua generalmene dulce, de una extencion considerable, que se encuentran separados del mar. El aporte de agua a todos los lagos viene de los rios, de aguas freaticas y precipitacion (lluvia) . En los lagos encontranos un sinnumero de fauna acuatica desde diferentes especies de peces hasta musgos, helechos , algas entre otros.
