O processo de pensamento secundário, por outro lado, está associado ao pré-consciente, também chamado de "ação interiorizada" ou, ainda, de "processo racional do pensamento". Nele, o escoamento de energia mental fica retido, só acontecendo após uma série de associações, as quais se refletem no aparelho psíquico. As ações decorrentes dessa forma de processamento devem ser tomadas com base no mundo externo, no contexto em que a pessoa se encontra e em seus objetivos. Assim, ao contrário da energia do processo primário, que é livre, a energia do secundário é condicional, ou seja, está sujeita a quaisquer ações.