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ANÁLISE DA QUALIDADE DO SEQUENCIAMENTO: INTERPRETANDO RELATÓRIOS E…
ANÁLISE DA QUALIDADE DO SEQUENCIAMENTO: INTERPRETANDO RELATÓRIOS E IDENTIFICANDO ERROS
O primeiro passo é conferir se o download foi feito corretamente
Arquivos MD5Sum
hash de criptografia
fazer download, executar no computar e verificar se o código obtido é o mesmo disponível no servidor da empresa.
arquivos FASTQ
Os dados são armazenados em formato de texto
FASTQ formato mais usual
Padrão de 4 linhas
3° - espaçador
4° - codificação dos escores de qualidade do sequenciamento
2° - sequência de nucleotídeo
1° - cabeçalho de leitura
Quantificação da qualidade
PHRED SCORE
Q = -10 log10 x P
onde Q é o escore de qualidade e P a probabilidade de erro do sequenciamento
Gerar relatórios descritivos
uso de ferramentas
FASTQC
FASTX
AfterQC
MultiQC
Relatórios FASTQC
Per base sequence quality
indicativo geral do sequenciamento
Per base sequence content
conteúdos de nucleotídeos nas reads
Per sequence quality scores
qualidade média: resultado esperado
Per sequence GC content
conteúdo GC
resultado esperado quando trata de um organismo é de apenas um pico
Codificação da qualidade
ASCI
cada caractere representa um valor de escore de qualidade
FASTQ possui dois padrões
PHRED +64
PHRED +33