As enterobactérias também têm vários mecanismos de resistência e são, agora, resistentes a múltiplas drogas. A resistência das enterobactérias aos aminoglicosídeos costuma ser mediada pela produção de enzimas modificadoras de aminoglicosídeos. Entretanto, a metilação do RNA ribossômico 16S é um mecanismo descrito mais recentemente que resulta em resistência a gentamicina, tobramicina e amicacina. As manifestações clínicas dependem da síndrome clínica, de ITU, peritonite, pneumonia e infecções da corrente sanguínea. As manifestações das diferentes síndromes clínicas não diferem fundamentalmente das ocasionadas por outros agentes etiológicos, mas o prognóstico pode ser diferente, em especial para cepas resistentes como as cepas ESBLs.