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(ねた (land scape, wave, 疑問, age structure, ecology, crossfeeding,…
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Theories of adaptation
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Wang Dai 2019
時間変化するNK model. 異なる環境でlocal maxな遺伝型をgeneralistと定義し、generalistがいつfavorされるかを議論。一般論として、Kが小さいと、single peak、Kが大きいと、rugged。Kが大きい方が、generalistが現れやすい
Draghi et al 2010
K個の隣接遺伝型のうち、q Kは neutral、(1-q)Kは違うphenotypeとする(q:robustness)。合計P個のphenotypeがある(K<<P)。ある特定のphenotypeがbestとして、それ以外はlethalとする。そこにたどり着くまでにはqは中間的な値がよい。
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pleiotropy
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generalistのほうがdeleteriousな変異を除外づらいために、growth rateは低い。ただし、generalistとspecialistの間に競争がないモデルを用いて例証. Kawecki 1994.
dominanceはMetabolic Control analysisから説明可能。Kascer and Burns 1980. Fisherはmodifierを導入した。Wrightはsafety
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recombination
Hill-Robertson 1966. ２つのallele abに有益変異A, Bが起こる。Aの固定確率は？
注: HRとClonal interferenceが混同されがち. Hartleの教科書では間違っている。HR効果の議論ではBはABとしてもaBとしても存在するときを考えるが、ClではaBとして存在。
Aがどんなgeneticなバックグラウンドに存在するかによってoffspringの数が揺らぐ。recombinationがあれば、Aは平均的なバックグラウンドを感じることになるが、recombinationがないと、バックグラウンドの効果が大きく、つまりNeが小さくなり、Aが固定しにくくなる。
Felsensteinの議論: recombinationがないときは、ABが1個体から出発するとき固定確率と、AbとaBが1個体ずつから出発するときの固定確率の平均を考える。free recombinationのときは通常のPfix。free recombのほうが固定しやすい。
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絶滅過程
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Assaf Mobilia 2009 WKBをdeleterious mutation in WFに適用.(こういった文献を眺めると、WKBを用いれるのは一般にmetastableからのdecayのときかも。)
epistasis
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Chiu et al 2012. Fitness = f(X,Y), X = b - c, というmodelで、b,cがmutationにより変化すると仮定すると、negative epistasisへのbiasが示せる。
Martin et al 2007. Fisherのgeometric modelからepistasisの統計を導く. empirical dataにおいて、negative epistasisが多いことが言及されている。
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