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Système d'entrée - Coggle Diagram

- - - - Définir la Bioinformatique
      - Concevoir une construction d'arbre Phylogénétique
      - Mener une approche d'annotation des séquences
      - Synthétiser les approches Omics émergentes
      - Définir les approches expérimentales et bioinformatiques de détermination de structures 3d de macromolécules
      - Concevoir une modélisation d'une structure de macromolécule
      - Définir la modélisation Moléculaire
      - Interpréter et critiquer des résultats de bioinformatique
  - - - 20 questions
        
        5 questions en Génétique
        
        5 questions en Biochimie structurale
        
        5 questions en Biologie Moléculaire
        
        5 questions en Biophysique
    - - 40 minutes
    - - Note > Moyenne
        
        Accès au cours
      - Note < Moyenne
        
        Rattrapage d'entrée
        
        Un module de remédiation sera proposé à l'apprenant
  - - - 20 questions
    - - 20 minutes
    - - Note supérieure ou égale à 18/20
        
        Maitrise complète de tous les objectifs
        
        Orienter Apprenant vers notions d'approfondissement
      - Note inférieure à 18/20
        
        Diriger l'apprenant vers le test d'entrée
  - - - Etudiants de 2ème année de mastère
    - - Bioinformatique
    - - 30 heures réparties sur 5 semaines
    - - Biophysique
      - Génétique
      - Biochimie structurale
      - Biologie Moléculaire
  - - - Lecture critique d'article
      - 2 Comptes rendus de TP
      - Examen Final
      - Carte mentale
    - - QCM à la fin de la première séquence introductive
      - QCM séquence 5
- - - - critère de réussite
        
        Note > moyenne
      - Binôme
      - Durée de préparation
        
        1 semaine
      - Durée de présentation
        
        10 minutes
    - - Durée
        
        40 minutes
      - critère de réussite
        
        Note > 20/40
        
        réussite
        
        Note < 20/40
        
        Remédiation
        
        Module de remédiation plus lent avec possibilité de tutorat avec des pairs sur la base du volontariat
      - individuelle
      - contenu
        
        40 questions (10 par module)
- - - - Objectifs spécifiques
        
        A la fin de la séquence l'étudiant sera capable de
        
        Lancer une requête dans une base de données généralistes/spécialisées pour des séquences protéiques/nucléotidiques
        
        Corriger une séquence nucléotidique sortie d'un séquenceur
        
        Traduire une séquence nucléotidique en séquence protéique
        
        Construire un alignement multiple
        
        Construire un arbre phylogénétique avec l'algorithme adéquat
        
        Interpréter la valeur du Bootstrap
        
        Sélectionner les séquences similaires
      - Durée
        
        1 semaine
      - Liste des ressources
        
        cours ppt (auto-apprentissage)
        
        Liens internet
        
        sequencage : nouvelle génération (http://dridk.me/ngs.html )
        
        bioinfo seq inria (https:/youtu.be/CLV1nrzGyBA)
        
        approches omiques (http://www.ipubli.inserm.fr/bitstream/handle/10608/222/?sequence=30)
      - Activité 1
        
        Matériel
        
        Logiciels
        
        Chromas
        
        Mega
        
        ordinateur
        
        Livrable
        
        compte rendu de TP
        
        activité individuelle
        
        critères d'évaluation
        
        Corriger une séquence sortie d'un séquenceur : 5 points
        
        Caractériser des séquences similaires et de référence à partir d'une base de données : 5 points
        
        Effectuer un Alignement multiple des séquences : 5 points
        
        Choisir l'algorithme adéquat : 2 points
        
        Calculer arbre : 5 points
        
        Interpréter valeur bootstrap : 3 points
        
        Mode d'évaluation
        
        par le tuteur
        
        formative
        
        Critères de réussite
        
        Note > 17,5/25
        
        Passage séquence suivante n°5
        
        note < 17,5/25
        
        Module de remédiation
        
        Quizz avec feedback
        
        Durée
        
        L'activité est déposée en même temps que le contenu du cours
        
        7 jours pour la déposer
        
        ressources
        
        Enoncé de TP
        
        Bases de données
        
        Acteurs intervenants :
        
        Tuteur
        
        Apprenant
      - Aides
        
        Forums pour le contenu cours et activité 1
        
        communications et interaction entre apprenant
        
        communications et interaction apprenant/tuteur
    - - objectifs spécifiques
        
        Enumérer les approches de détermination de str 3D de macromolécules
        
        Lancer requête dans base de données de structure
        
        Visualiser et interpréter la structure 3d d'une protéine
        
        Interpréter la valeur de résolution d'une structure
      - Liste des ressources
        
        ppt (auto-apprentissage)
        
        capsules vidéo (https:/www.youtube.com/watch?v=OIZjbe8IVX4)
        
        capsule vidéo (https:/www.youtube.com/watch?v=OEzVUrhtZ6s)
      - Activités
        
        Activité 1
        
        QCM avec feed back : 20 questions
        
        individuelle
        
        mode d'évaluation
        
        auto-évaluation
        
        sommative
        
        critères de réussite
        
        note > 10/20 pour passer à l'activité 2
        
        note <20
        
        remédiation
        
        relecture des ressources
        
        1 more item...
        
        Durée : 2 heures
        
        Acteurs intervenants : Apprenant
        
        objectifs
        
        Nommer les approches exp de détermination de str 3D
        
        Décrire les caractéristiques de chaque approche
        
        Livrable : Réponses au QCM
        
        Activité 2
        
        Livrable
        
        Carte mentale
        
        Ressources
        
        Enoncé
        
        Bases de données PDB
        
        Durée
        
        Ouverture de l'activité après avoir validé l'activité 1
        
        4 jours pour la déposer
        
        2 jours de correction des cartes mentales
        
        Objectifs
        
        Savoir manipuler une BD de structure
        
        Caractériser les str I, II, III protéines
        
        Utiliser des outils de visualisation de structure 3D
        
        Interpréter les valeurs de résolution
        
        Matériel
        
        Logiciels
        
        Logiciel de carte mentale
        
        Logiciel de visualisation de structure
        
        ordinateur
        
        type d'activité
        
        individuelle
        
        mode d'évaluation
        
        formative
        
        evaluation par les pairs
        
        Validation de la note par le tuteur
        
        critères d'évaluation
        
        Synthétiser informations sur la page web de la BD : 5 points
        
        Interpréter informations du fichier pdb : 5 points
        
        Manipulation de l'outil de visualisation (distance, angles ...) : 5 points
        
        Synthèse des informations dans carte mentale : 5 points
        
        critères de réussite
        
        Note > 10/20
        
        Passage séquence suivante
        
        Note < 10/20
        
        Activité de remédiation
      - Aides
        
        Forums pour le contenu du cours et activités
        
        Communications et échanges entre les apprenants
        
        communications et échanges entre apprenant et tuteur
      - Durée
        
        7 jours