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Batteriofagi (ΦX174 (Proteina A* (Blocca sintesi DNA ospite, Re-traduzione…

- - - - Divergenti, no attivatori trascrizionali, precoci
    - - Sintesi tardiva proteine del virus e del termine del ciclo
    - - Serve regolatore positivo CII, controlla espressione gene cI
    - - Richiede CI regolatore positivo, controlla repressore ciclo litico (CI)
  - - - Termina dopo geni N (sinistra) e cro (destra)
      - Proteina N antiterminatore
    - - Trascrizione continua fino a int (sinistra) e Q (destra)
      - Include trascrizione O e P necessari a replicazione
      - Trascritti cIII dopo N e cII dopo cro
    - - Trascrizione da Pg, localizzato dopo Q e prima di S
      - Proteina gpQ fa da antiterminatore per trascrizione da Pg
  - - - Precoce
        
        Complesso nucleoproteico gpO, gpP e DnaB codificata dal batterio che si assemblano su ori formando bolla di replicazione
      - Tardiva
        
        Transizione da modalità theta a cerchio rotante, produzione di concatameri
  - - - Esprime solo gene cI codificante per repressore CI
      - CI blocca geni litici, impedisce infezione nuovo λ
      - Ciclo litico spontaneo o inducibile es. raggi UV
    - - Proteina codificata da cro
      - Reprime espressione cI permettendo ciclo litico
  - - - PrM
        
        Verso sinistra, promotore di cI
        
        Richiede CI regolatore positivo
      - PrE
        
        Verso sinistra, promotore di cro
        
        Richiede CII, è represso da CI
    - - Omodimero, 2 teste e un braccio
      - Lega ad alta affinità e in modo cooperativo Or1 e Or2 attivando PrM e reprimendo Pr
      - Alta concentrazione CI: sito Or3 occupato, trascrizione cI repressa
    - - Dimero globulare
      - Affinità opposte a CI
      - Quando Or3 (bassa Cro) è occupato, PrM represso, ad alta conc. di Cro anche Or1 viene occupato reprimendo anche Pr
    - - Promuove prima trascrizione di cI, quando c'è abbastanza CI da autoindurre la propria trascrizione da PrE CII non serve più
      - CII inattivata da proteasi attive in terreno ricco: se carenza di nutrienti, proteasi inattive (assenti), CII attiva CI che reprime ciclo litico
    - - Protegge CII da degradazione e la stabilizza
- - - - Costituenti di membrana
      - Svolgono funzioni normali
      - Il T4 riconosce carboidrati del LPS nei gram -
  - - - Stesso genoma per tutti i T4 ma ordine differente dei geni
      - Sembra derivare da linearizzazione genoma circolare tagliato in punti diversi
      - Ridondanza terminale
    - - Replicato come singola unità genomica
      - Unità genomiche legate a formare concatamero
      - Meccanismo a testa piena: testa fagica riempita con concatamero fino al massimo e poi taglio, non su sequenze specifiche
    - - Sistema CRISPR
      - Endonucleasi
        
        Restrizione, meccanismo generale
        
        Protezione DNA self con metilazione
        
        Solo virus dsDNA
      - Fago T4 si protegge da endonucleasi sostituendo citosina con 5-idrossimetilcitosina con gruppo idrossile glicosilato
  - - - Precoci, intermedie, tardive
  - - - Prototeste assemblate vuote
      - Motore di impacchettamento assemblato attorno ad apertura della prototesta, DNA spinto nella prototesta che si espande per la pressione, eliminate proteine di sostegno che c'erano prima
      - Si stacca motore, testa sigillata