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:silhouettes: 克隆异质性 (基于scRNA-seq识别克隆 (基于scRNA-seq推断CNV :check:…
:silhouettes: 克隆异质性
基于scRNA-seq识别克隆
基于scRNA-seq推断CNV :check:
关键因素及面临的挑战有哪些？ :warning:
[总结] 基于scRNA-seq推断CNV的影响因素 :check:
[总结] 滑窗方法时参照细胞的选择 :check:
有哪些方法？优缺点？
[总结] 基于scRNA-seq推断CNV的方法比较 :check:
[方法总结] inferCNV :check:
基于CNV识别克隆 :check:
[总结] 基于CNV识别克隆 :check:
CNV克隆识别的准确性评估 （待定）
克隆特异CNV刻画 （染色体区间？染色体臂？）
里程碑文献精读（1）
2.单细胞DNA-seq创新性总结
3.单细胞克隆分析的维度总结
1.DNA-seq历史进展
4.克隆功能创新性+维度总结（缺乏组织样本研究类文献）
【总结】克隆功能&克隆异质性
1.什么是功能？什么是克隆功能？
2.什么是克隆功能异质性；及其与克隆异质性的关联？
3.当前文献对克隆异质性（包括克隆功能异质性）的基本认识；
4.刻画克隆异质性的维度统计（scRNAseq & Bulk）
克隆异质性
克隆的分化层次结构-PL
3.TCGA组织样本验证
2.细胞类型与克隆进行关联
1.肿瘤细胞类型划分
4.生存分析（候选）
克隆与全局转录异质性的关联;
1.降维&聚类；
2.细胞间相关性聚类；
克隆间的异质性是什么？
2.从Signature解释克隆间的功能异质性；
3.肿瘤亚型、谱系、细胞周期
1.差异表达功能富集；
对CNV克隆的理解？ :warning:
里程碑文献精读（1）
[总结] 单细胞领域肿瘤克隆的识别 :check:
克隆基因组异质性与转录异质性的精细刻画
基因组异质性程度与转录组异质性程度相关
克隆间状态的共性及其异质性体现在哪些方面
分化/发育 :fire:
[历史进展] 胶质瘤分化、发育、谱系研究的单细胞领域历史进展 80%
里程碑文献精读（1）
AC/ OC 谱系发育
单细胞平行测序数据总结
克隆间的转录异质性&功能创新性总结
克隆功能异质性对患者产生怎样的影响
克隆功能异质性与哪些因素相关
数据
2.仅使用SC-RNAseq； :star:
全面了解当前数据的基本信息
多套数据的PK，包括数量、质量、契合程度等
数据预处理
1.多组学平行测序
（SC-DNAseq+SC-RNAseq）；
3.多组学分别测序
（SC-DNAseq+SC-RNAseq）；
:warning:：关键问题
:check:：已完成
:question: ：待定
:fire: ：进行中
要点谱