👥 克隆异质性

克隆异质性

基于scRNA-seq识别克隆

基于scRNA-seq推断CNV ✅

克隆的分化层次结构-PL

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3.TCGA组织样本验证

2.细胞类型与克隆进行关联

1.肿瘤细胞类型划分

4.生存分析(候选)

关键因素及面临的挑战有哪些? ⚠

有哪些方法?优缺点?

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2.单细胞DNA-seq创新性总结

3.单细胞克隆分析的维度总结

1.DNA-seq历史进展

4.克隆功能创新性+维度总结(缺乏组织样本研究类文献)

单细胞平行测序数据总结

对CNV克隆的理解? ⚠

基于CNV识别克隆 ✅

[总结] 基于scRNA-seq推断CNV的方法比较 ✅

[总结] 基于scRNA-seq推断CNV的影响因素 ✅

[方法总结] inferCNV ✅

克隆与全局转录异质性的关联;

克隆间的异质性是什么?

1.降维&聚类;

2.从Signature解释克隆间的功能异质性;

3.肿瘤亚型、谱系、细胞周期

1.差异表达功能富集;

[总结] 基于CNV识别克隆 ✅

数据


1.多组学平行测序
(SC-DNAseq+SC-RNAseq);


2.仅使用SC-RNAseq; ⭐

全面了解当前数据的基本信息

多套数据的PK,包括数量、质量、契合程度等

数据预处理

3.多组学分别测序
(SC-DNAseq+SC-RNAseq);

克隆间的转录异质性&功能创新性总结

⚠:关键问题
✅:已完成
❓ :待定
🔥 :进行中

CNV克隆识别的准确性评估 (待定)

【总结】克隆功能&克隆异质性

1.什么是功能?什么是克隆功能?

2.什么是克隆功能异质性;及其与克隆异质性的关联?

3.当前文献对克隆异质性(包括克隆功能异质性)的基本认识;

4.刻画克隆异质性的维度统计(scRNAseq & Bulk)

2.细胞间相关性聚类;

里程碑文献精读(1)

[总结] 单细胞领域肿瘤克隆的识别 ✅

克隆基因组异质性与转录异质性的精细刻画

克隆间状态的共性及其异质性体现在哪些方面

克隆功能异质性对患者产生怎样的影响

克隆功能异质性与哪些因素相关

要点谱

克隆特异CNV刻画 (染色体区间?染色体臂?)

分化/发育 🔥

[历史进展] 胶质瘤分化、发育、谱系研究的单细胞领域历史进展 80%

基因组异质性程度与转录组异质性程度相关

[总结] 滑窗方法时参照细胞的选择 ✅

里程碑文献精读(1)

里程碑文献精读(1)

AC/ OC 谱系发育