La figura storica di A., per la sua indole austera, aliena dalle arti e dalle lettere, sollecita principalmente della pace tra i principi cristiani e degli interessi generali della cristianità, contrasta nel modo più assoluto con quelle dei due pontefici medicei, Leone X, che lo precedé, e Clemente VII, che gli successe nel governo della chiesa.
Il maggior trionfo fu ottenuto nel periodo del pontificato di Paolo III Farnese, egli si circondo di alti prelati di educazione erasmista come Gaspare Contarini e Reginald Pole. 
Papa dal 1534, il suo pontificato fu segnato soprattutto dalla reazione contro il protestantesimo. Approvò l'ordine dei gesuiti, costituì la Congregazione del Sant'uffizio e infine, nel dicembre 1545, convocò il concilio di Trento.
Istituì una commissione di riforma (1536) che nel 1537 presentò promemoria sulla reale situazione della chiesa: il Consilium de emendanda ecclesia, che in seguito servì come modello per il concilio di Trento.
Tra le proposte di cambiamento ci furono: La riforma della curia, L'obbligo di risiedere nella parrocchia per i parroci Il rafforzamento del potere dei vescovi e Interventi contro l'immoralità dei preti.
Nel 1542 il papa creò il Sant'Uffizio, una congregazione di cardinali con cui si concentrarono a Roma tutti i processi per combattere il dissenso religioso, questo rispose alle esigenze di plasmare organismi di controllo affinché non permettessero la diffusione di idee pericolose.
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