Федеральное Собрание, будучи представительным органом законодательной власти Российской Федерации, занимает влиятельное положение в системе государственных органов, активно взаимодействует с другими федеральными органами государственной власти.
Весьма значимы взаимоотношения Федерального Собрания с Президентом РФ. Он участвует в законодательном процессе, подписывает законы, обнародует их и обладает, как уже говорилось, правом вето, может досрочно распускать Государственную Думу, но только в определенных Конституцией РФ случаях (ст. 111, 117), назначает выборы этой палаты. Глава государства, обладая большими реальными полномочиями, действенными средствами влияния на деятельность палат Федерального Собрания, вместе с тем обязан соблюдать законы, не имеет права подменять Федеральное Собрание.