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Bioinformatics II (Einleitung (Ziele der Bioinformatika (Rekonstruktion…

- - - - Bewertet dementsprechend Konservierung mit 0; in Farbigkeit Dunkelnuancen
    - - bewertet evolutionäre Verwndtschaft, schwarz=1 weiß=0
      - das wharscheinlichste evolutionäre Ereignis ist die Konservierubng (=1) nicht das Nicht-Ereignis
    - - Spur finden durch paarweise Zuordung--> evolutiv am W.--> geringste Anzahl an Operationen
  - - - Unterschied lange vs geringe Distanzen
    - - SAbsolute Häufigkeit der AS berechnen über SQuz: Ai (alle Buchstaben zählen) evolutionär sinnvolles Alignmeint finden 2. relative Häufigkeit f(Ai) indem durch die gesamtzahl aller AS geteilt wird (durch Buchstaben gesamt teilen) 3.relative ÜBERGANGSHÄUFIGKEITEN f(i,j) zw. allen ASPaaren, indem f(Ai,Aj)(druch Zählen wie viele es von den gepaarten AS gibt) durch Gesamtlänge=Anzahlaller AS Paare geteilt wird 4.Substitutionsmatrix Mx mit Logg-Odds Ratio Formel (C=Konstante , Runden)
      - M (i,j) = C log (f(i,j)/f(i)f(j))
      - Auswertung:
        
        M(i,j) = 0 Erwartungswert
        
        •M(i,j) < 0 Austauschhäufigkeit i --> j geringer als erwartet
        
        •M(i,j) > 0 Austauschhäufigkeit i --> j höher als erwartet
        
        Mx = (M1)^ x bzw. PAM-X = (PAM-1)^x zB PAM 250--> Ähnlichkeit 20% --> 2,500Mio JAhre
      - kleine PAM Werte (PAMXXX) ≙ grosse BLOSUM Werte ≙ starke Konservierung bzw. geringer evol. Abstand
      - BLOSUM
        
        BEwertung
        
        BLOSUM 50
        
        < 50%
        
        BLOSUM 62
        
        < 62%
        
        HSDM-Matrix
        
        ähnlich wie BLOSUM Sequenzalignments wurden durch Strukturalignments homologer Sequenzpaare ersetzt -besser für entfernt verwandte Sequenzen
    - - der mit dem Höchsten Gesamtscore (Aufsummierung der evolutionär wahrscheinlichsten Austausche) !!! --> unter der Annahme dass die SQuz homolog sind
        
        globales Alignment
        
        Needleman Wunsch Algorithmus:Aij= max (A(i-1,j-1)+S(aibj) II Ai-1,j +g II Ai,j-a + g) dh bewertung nach unten links rechts oder unten (letze beide gap penalty) Oben links nach unten rechts, den PfeilenII von unten = bester weg folgend wird das beste ergebnis = alignment erstellt
      - Indels viel unW. als Austausche --> desweg GAP= neg score --Y gap penalty
        
        heuristisch: erstmaliges Einfügen kostet mehr als Verlängern des gaps