Народився 13 (25) листопада 1838 року в Стеблеві Канівського повіту (Київська губернія, Російська імперія, нині селище міського типу в Україні, в Корсунь-Шевченківському районі Черкаської області) у сім'ї сільського священика. Батько його, Семен Степанович, був освіченою людиною прогресивних поглядів, мав велику домашню книгозбірню і на власні кошти влаштував школу для селян, в якій його син і навчився читати й писати. Змалку І. Левицький познайомився з історією України з книжок у батьківській бібліотеці. На сьомому році життя хлопця віддали в науку до дядька, який вчителював у духовному училищі при Богуславському монастирі. Там опанував латинську, грецьку та церковнослов'янську мови. Незважаючи на сувору дисципліну, покарання й схоластичні методи викладання, Левицький навчався успішно й після училища в чотирнадцятилітньому віці вступив до Київської духовної семінарії, де навчався з 1853 по 1859. У семінарії захоплювався творами Т. Шевченка, О. Пушкіна
