Étape de lyse : consiste à rompre les parois cellulaires et membranes biologiques grâce à des actions mécaniques (écrasement, french press, sonication, cycle congélation-décongélation), grâce à des agents solubilisant (détergents) et d'autres adjuvants d'extraction (inhibiteurs de protéases, antibiotiques, chélatants ... pour protéger les prots d'intérêt)