К общенаучной методологии относятся попытки разработки универсальных принципов, средств и форм научного познания, соотносимые, хотя бы потенциально, не с какой-то конкретной наукой, но применимые к широкому кругу наук. Однако этот уровень методологии остается все же, в отличие от методологии философской, в рамках собственно научного познания, не расширяясь до общемировоззренческого уровня. Например, это концепции системного научного анализа, структурно-уровневый подход, кибернетические принципы описания сложных систем и др. На этом уровне разрабатываются и общие проблемы построения научного исследования, способы осуществления теоретической и эмпирической деятельности, в частности - общие проблемы построения эксперимента, наблюдения и моделирования.