Problemer ved anvendelse af antibiotika 1) Udvikling af resistens: Et problem, der kan opstå ved behandling med antibiotika, er udvikling af resistent, dvs. at mikroorganismerne bliver modstandsdygtige overfor de antimikrobielle midler. 2) Udvikling af allergi: Ved anvendelse af antibiotika er udvikling af allergi over for stofferne. Dette betyder, at personen, næste gang det pågældende stof gives, vil få allergiske symptomer. Disse kan spænde fra ubetydelige hududslæt til livsfarlige tilfælde af anafylaktisk shock. 3) Superinfektion: Et tredje problem er risikoen for, at der under behandling med et antibiotikum kan opstå en superinfektion, hvor der opstår en ny infektion under behandling af den infektion, man var i gang med at behandle. Dette kan fx ske, når man får påvirket normalfloraen så voldsomt, at der sker en invasion med mere patogene, virulente og resistente mikroorganismer, fx enterobakterier, pseudomonas eller canadia, så der optræder alvorlige infektioner