As zonas rurais sofrem diversas desvantagens no aproveitamento dos recursos hídricos: A distância do rural com o meio urbano; grande dispersão espacial dos moradores, escassez de água em alguns lugares que é demandada exponencialmente para a agricultura (como no Nordeste), qualidade da água pelos fertilizantes e agrotóxicos, poluição das águas por esgoto (seja por desinformação, falta de obras de saneamento negligência dos moradores), alto custo para obras de saneamento (coleta e tratamento de esgoto, de lixo e abastecimento de água)