O controle de qualidade é responsável por fazer a amostragem e análises desde a matéria-prima até o produto acabado para verificar se estão em conformidade com as especificações. Além das análises, participa de todas as decisões relacionadas com a qualidade do produto, investiga reclamações de clientes sobre a qualidade do produto e faz o tratamento de efluentes. Todos os procedimentos realizados devem estar bem registrados, inclusive o resultado das análises. As analises devem ser feitas com equipamentos qualificados, metodologias validadas e pessoal treinado. As matérias primas devem permanecer em quarentena até o término das análises. Só pode ser aprovado para uso se atingir a qualidade exigida no teste, comparando-se o resultado com uma amostra padrão de referência, que possui uma pureza alta. Os produtos terminados também se mantem em quarentena enquanto se realiza as análises. Os produtos devem estar com sua composição de acordo com a descrita no registro. Tanto da matéria-prima como do produto acabado, deve colher amostra e armazenar no retém, para possíveis análises futuras.