As Auditorias da Justiça Militar têm por sede: as da Primeira Circunscrição Judiciária Militar, a Cidade do Rio de Janeiro (RJ); as da Segunda, a Cidade de São Paulo (SP); as da Terceira, respectivamente, as Cidades de Porto Alegre, Bagé e Santa Maria (RS); a da Quarta, a Cidade de Juiz de Fora (MG); a da Quinta, a Cidade de Curitiba (PR); a da Sexta, a Cidade de Salvador (BA); a da Sétima, a Cidade de Recife (PE); a da Oitava, a Cidade de Belém (PA); a da Nona, a Cidade de Campo Grande (MS); a da Décima, a Cidade de Fortaleza (CE); as da Décima Primeira, a Cidade de Brasília (DF); e a da Décima Segunda, a Cidade de Manaus (AM).