Многие из газов вступают в биохимические реакции, но при этом они бывают растворены в цитоплазме клетки. Источником энергии для различных видов бактерий являются процессы окисления водорода, азота, метана, аммиака, сероводорода. Метан, углекислый газ, аммиак используются в процессах биосинтеза, а кислород служит окислителем при дыхании и других процессах.