Les méthodes pédagogiques utilisées dans l'ECJS, principalement les débats argumentés, se prêtent particulièrement aux objectifs et à l'esprit du programme. Il faut en respecter les règles pour leur efficacité. La préparation demande le recours à des sources documentaires variées, qui relèvent de diverses disciplines, et qui peuvent être exploitées au mieux avec les ressources du CDI. L'organisation du travail préparatoire au débat peut mobiliser des techniques diverses selon le sujet abordé : dossiers de presse, recherches en collaboration avec le professeur documentaliste, exposés préparatoires, etc. Il s'agit de contribuer à former l'esprit critique des élèves et de les conduire à élaborer des argumentaires construits et pertinents favorisant la confrontation de points de vue singuliers. Enfin tout débat argumenté doit donner lieu à une réflexion rétrospective en classe. Ces travaux peuvent être redevables de différentes formes d'évaluation. La démarche des travaux personnels encadrés (TPE) offre l'occasion d'activités interdisciplinaires sur des questions morales et civiques.