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Functional Genomics tools (Frankia (Genomics (Metabolomics, Comparative…
Functional Genomics tools
Intro
az symbiosis
Question VH:
C'est actino au sens large; On inclue donc CG, DT, AG et autre si infos?
specific issue
trees
High GC
Plants
growing actinorhizal plants
hydroponics ==>
je peux aider VH
HG=>Je peux aussi aider
pouches/ spot inoculation
get seeds ==>
VH peut aider si nécessaire
HG=> Ok pour prendre la partie Transfo
genetic trasformation
hairy root : HG=>JE peux bosser dessus
stable : casuarina only. HG=>JE peux bosser dessus
FIG: table transformation
:star: HG=>Bonne idée!
Violet foncé= Valérie"OMIC" Rose= HG=> je peux intervenir sur la partie gene function
nucl acid extraction
Isolate intersting genes
Trancriptome 454- hiSeq
historycally
EST
library screening, GEnome walking
PAC bio, genome
expression
northern, qRT==>
OK VH
reporter genes
*=
SS : OK,
ISH ==>
OK à faire avc SS car je n'en ai pas fait sur CAsu
SS: ok cf partie verte
HG => de l'ISH, j'en ai fait durant ma thèse avec des sondes radioactives(S35) et non-radio-actives (digoxygenin) sur gènes hemoglobin, Metallothionein et CHS. Pour les northern
gene function
RNAi, inhibition signallling==>
Je vs propose une trame à fignoler car vous avez plus de recul.
HG=> JE peux travailler dessus aussi
GOF==>
V
H: Ca j'ai pas fait ==> Sergio? Hassen ?
*
HG=> Pour cette partie, je m'en occupe
HG=> Ajouter complémentation fonctionnelle : Medicago, lotus, Arabido + expression ectopique Promoteur GUS/GFP/DSRED/ SS: bonne idee
VH :check: : A ajouter : Proteomic = Approche développe chez Ana R.
HG=> Ajouter Genome analysis & Recherche d'homologues (y compris sur données transcripto)
HG => Rajouter ressources dispo : Transcripto Cg, Ag & Dg, Banque bac Cg, Génomes Cg, Ag, Dg, Dt
histology / cell biology
Fixed material
optical / MET
promoter+GUS :star:picture GUS/GFP Cg & Dt
ISH VH :warning:mis aussi dans partie rose . A voir
SS: oui, c'est une partie qi se chevauche. Au niveau technique c'est qd meme [lus proche de l'histo
living tissue
cg12 + cell compartments
Frankia : cyto-9
cameleon- ca spiking
promoter+GFP
CgNIN bioassay
RHDF bioassay
Metagenetics of nodules A RAPPROCHER DE OMICS (VH)
Microbial community profiling
Metagenomics
Nodulation assays
competition for nodulation (recognition / specificity)
nodulation kinetics
phythormone effects (ethylene, auxin, ...)
regulation of infection/nodulation (number, biomass)
coinoculation, helpers for nodulation
diffusible signals
surface recognition
complememntation for nodulation trying to break recognition barriers
spontaneous nodulation (dmi3*)
plant responses in non nodulating plant species close to actinorhizal ones
early plant responses (root hair deformation, NIN expression, Cg12/Dt12 expression)
split root assays , plant systemic signaling
Frankia
cultivation
liquid
Plates
nucl acid extra
qPCR
phylogeny :black_flag:Fig Genome-wide phylogeny?
get Frankia
HG=> Isolement de nouvelles souches à partir de nodules/sol?
Genomics
Metabolomics
Comparative Genomics
Proteomics
Transcriptomes
Genome Sequencing
Genetics
Chemical Mutagenesis
Site directed mutagenesis
Cloning Genes and plasmid transfer
other endophytes isolated from field nodules, meaning?
stress
effects of salt on Frankia
physiology
molecular methods to analyse salt stress in Frankia
Effects of salt on AM
physiology
molecular methods to analyse salt stress in AM
effects of salt on plants
physiology
molecular methods to analyse salt stress in plants
est qu'on fait la meme chose également pour les autres types de stress tels que les metaux lourds etc?
JF je peux contribuer pour Discaria
JF: je peux contribuer ici pour Syto-9, Calcium, éventuellement markers cellulaires