Dispersión y, por consiguiente, pérdida de autoridad de mando: la sustitución de la autoridad lineal por la autoridad funcional relativa y dividida dificulta que los órganos o cargos superiores controlen el funcionamiento de los órganos o cargos inferiores. La exigencia de obediencia y la imposición de disciplina, aspectos típicos de la organización lineal, no son lo fundamental en la organización funcional. Cuando un órgano o cargo recibe orientación diferente de dos órganos o cargos especializados en distintas funciones, no siempre hace aquello que le es solicitado, más aún si esa orientación, que parte de los dos órganos o cargos, es contradictoria o poco compatible.
