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Resumo sobre Métodos Filogenéticos Comparativos (Que tipo de atributo eu…
Resumo sobre Métodos Filogenéticos
Comparativos
Que tipo de atributo eu tenho?
Contínuo
Modelos de evolução
Brownian Motion
pacote OUwie
geiger::auteur
Brownie
Orsntein-Uhlenbeck
Detecção de múltiplos picos
pacote
SURFACE
pacote
ouch
pacote
bayou
pacote
l1ou
Trend
Early Burst
Estimativa de estado ancestral
#
Maximum-Likelihood
#
Squared-change Parsimony
Ponderada
Não ponderada
Bayesian
Inferência
(Se a variável resposta for contínua)
PGLS (ajustando o sinal filogenético
nos resíduos com lambda do Pagel)
= Phylogenetic Independent Contrasts (PICs)
pacote
MCMCglmm
PVR
Ajuste de múltiplas matrizes de VCV
(phytools::evol.vcv ou pacote
ratematrix
)
Problema de adequabilidade
do modelo (pacote
Arbutus
)
"Sinal" filogenético
#
K de Blomberg
Mantel
Decomposição da entropia quadrática
de Rao ao longo dos nós da filogenia (Pavoine et al. 2010 Ecol Monog)
Lambda do Pagel
I de Moran (correlograma)
= C de Abouheif
R2 do PVR
Categórico
Modelos de evolução
#
Equal rates
All Rates Differ (ARD)
Symmetric
Matriz do usuário
Estimativa de estado
ancestral
Mapeamento estocástico
Bayesiano (e.g., BayesTraits)
Maximum likelihood (Modelo Mk)
Inferência
(se a resposta for discreta)
Correlação de atributos binários
Método de Pagel (1994)
Modelo Threshold
(dois discretos, ou um discreto e um contínuo)
Regressão logística filogenética
(MCMCglmm ou phylolm::phyloglm)
"Sinal" filogenético
D da Fritz
Mantel
Decomposição da entropia quadrática
de Rao ao longo dos nós da filogenia
Tenho mismatch
entre traits e filogenia?
Mais atributos do que
espécies amostradas
na filogenia?
Permutação por
espécies "filogeneticamente equivalentes"
(e.g., phyndr e taxonlookup)
PASTIS
Inferir sua própria árvore :smiley:
Pipelines
Supermatrix
Supertree
Mais espécies na filogenia
do que atributos?
Phylotargeting
Imputação de dados
faltantes
(e.g., Rphylopars)
PEM/PVR
Tenho uma topologia sem
comprimento de ramo, o que faço?
Incorpore incerteza
no comprimento de ramo na análise
usando um escalar
Lambda do Pagel
Delta do Pagel
Kappa Pagel 1999
rho do Grafen
Atribua comprimento
arbitrário