Орган используется в богослужениях католиков и протестантов как аккомпанирующий и (реже) сольный инструмент. Нередко католическая или протестантская церковь используется в некотором смысле как декорированный концертный зал; в таких «залах» устраиваются концерты небогослужебной церковной музыки (например, в московском соборе Непорочного Зачатия), где наряду с другими инструментами (вплоть до симфонического оркестра) используется и орган. Органы устанавливаются в светских концертных залах, как правило, напротив партера, вдоль стены, ограничивающей эстраду (например, в Большом зале Московской консерватории). Орган нередко используется не только как сольный, но и как ансамблевый и аккомпанирующий инструмент, в сочетании с другими инструментами камерного ансамбля, оркестром, вокалистами и хором, используется в различных кантатно-ораториальных музыкальных жанрах, редко — в опере. Кроме того, орган широко используется для исполнения партии basso continuo в музыке эпохи барокко.
