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ADN 2 (organisation du génome nucléaire chez les eucaryotes (séquençage de…
ADN 2
organisation du génome nucléaire chez les eucaryotes
double hélice (2 nm)-> collier de perles -> fibre chromatinienne -> chromosome (1.4 nm)
taille du génome nucléaire et nb de chromosomes : variable en fonction des espèces
nucléosome : unité de base de la chromatine
octamère d'histones
146 paires de bases d'ADN autour de chaque octamère
octamère = 2H2A + 2H2B + 2H3+ 2H4 (H=histone)
N-ter des histones : sortent du nucléosome
modifications post-traductionnelles
rôle critique dans la régulation des gènes
séquençage de Sanger
ADN à séquencer + amorce pour le néobrin + 4dNTPs + 4ddNTPs (1 pour 100 dNTPs) + ADN polymérase
ddNTP incorporer : arret de la polymérase
statistiquement : milieu réactionnel : ensemble des molécules néosynthétisées possibles
dénaturation des molécules et migration électrophorétique
ddNTP - fluorochrome différent
Migration électrophorétique dans un capillaire
Source laser : excite les fluorochromes
Lumière de longueur d’onde spécifique du fluorochrome
Lecture directe de la séquence
dans le noyau : ADN associé à des protéines (histones + protéines régulatrice + enzymes...) = chromatine
que contient l'ADN
gènes : organisation des séquences promotrices de chaque gène : positionnement de l'ARNpol
procaryote : gènes organisés en opérons (unités de transcription)
eucaryotes: pas d'opéron : un gène -> plusieurs protéines (épissage alternatif)
ADN non codant : ARNt, ARNt, ARNsi,ARNml, ARNsno, ARNsn, séquences répétées...
fraction codante (H : 1.4%)
ADN : nucléaire, mitochondrial, chloroplastique
le controle de l'expression génétique chez les eucaryotes
séquences de contrôle à distance
en amont ou en aval du gène
activateurs : séquences amplificatrices ou enhancers
répresseurs : séquences atténuatrices ou silencers
structures des facteurs de transcription
protéines à domaine en doigt de zinc
3 boucles
une hélice α + un feuillet β ponté par du zinc
protéines à domaine hélice-tour-hélice
2 - 3 - 4 hélices
une se fixe à l'ADN, les autres stabilisent
protéines à domaine leucine zipper
un domaine en hélice
forme en Y grâce à des AA hydrophobes (Leu,Isoleu,Val)
protéines à domaine hélice-boucle-hélice
2 hélices
reliées par une boucle
facteurs généraux de transcription
TF = transcription factor
interaction avec l'ARN polymérase -> former complexe d'initiation de la transcription
indispensable pour la transcription
ex: TFIID : sous unité TRP : reconnait la TATA box
quand la séquence régulatrice est loin : courbure de l'ADN -> interaction protéines contrôle - facteur de transcription - promoteur
contrôle chromatinien
hétérochromatine : chromatine condensée : pas ou peu d'expression
euchromatine : chromatine décondensée : expression du gène
localisation -> expression ou non du gène
hétéroC -> euC : méthylation ADN + modifications post-traductionnelles des histones (groupement methyl CH3 + ADN méthyltransférase)
méthylation liée à la répression des gènes
modifications chimiques possibles : acéthylation, méthylation (mono, di ou tri), ubiquitination, biotinylation, citrullination...
conséquences différentes -> marques activatrices ou inhibitrices
le cycle cellulaire : cf mindmap