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20170918轉譯醫學筆記_劉于鵬_ypliu@kmu.edu.tw_Identification of biomarkers for human…
20170918轉譯醫學筆記_劉于鵬_ypliu@kmu.edu.tw
_Identification of biomarkers for human cancers
利用血癌細胞異種移植到免疫缺陷鼠，但只有部分老鼠會長出腫瘤，因此開啟腫瘤幹細胞的研究
CD44+ and CD24-之癌細胞會具有cancer cell的phenotype(表型)
當細胞表現CD24-會促進細胞分裂
幹細胞在成熟狀態傾向不分裂(CD24+)
惡行腫瘤的特性會有轉移(CD44+)
後來有人發現CD44+ CD24+才是真正癌症幹細胞的biomarker(推翻之前理論)
CEA biomarker是目前臨床檢驗的癌症檢驗，但不適百分之百的正確
Biomarker可以當作參考但不是絕對可靠
Biomarker實驗方法流程
取normal/cancer samples(DNA/RNA/proteins)
DNA:whole genome sequencing(Exome sequencing)/RNA:Microarry(transcriptome sequencing)/Proteins:2D electrophoresis
Bioinformatics
Genetic signatures
Data verification
model選擇
Cell lines : Acquirability最佳、Technology最佳、Scientific value普通
Scramble指混亂(混雜的Blank):不一定是最正確的Control
通常分成控制組與處理組
Transient or stable clone的選擇?
Transient (短期效果，表現強，但可能與自然常理相差甚遠): Lipofectamine (liposome-based)'、calcium phosphate、Electroporation
stable clone(可能是低表現但是會長期存有額外基因): G418 selection after transient transfection、Lentivirus(or retrovirus)
Primary cultures: Acquirability佳、Technology佳、Scientific value佳
困難度:萃取的細胞純度
須依細胞特性來設計萃取方法；貼附度、是否分裂、表面分子差異等
Primary cultures 不易transfection
microphage Primary cultures其實是活化態的，但在生理環境中其實是不活化態
Animal: Acquirability普通、Technology普通、Scientific value佳
Transgenic mice:先天已帶有特定基因
Gene knockout mice
Diet control mice
常見在代謝症候群實驗
臨床檢體
The connectivity map concept
Science,2006 Sep 29;313(5795):1929-35
其發表的database可以去看看
如何做
尋找有興趣的Phenotype
將有興趣的phenotype丟進去data base去進行比對(GEO database) ；GSE31210針對癌症的database 且有提供臨床檢體結果
如何對基因體進行分析
SNPs(Single Nucleotide polymorphisms:當突變大於1%之稱，小於1%稱mutation
Interspersed Nuclear elements: SINEs and LINEs類似病毒的反轉錄但無法自行完成。
NGS
Microarray
資料分析飽含上面三種皆需要進行Gene ontology(GO) analysis
前言