แผลกระเพาะอาหารมกเกิดทกระเพาะอาหารส่วน antrum ใกล้กับขอบด้านในของกระเพาะอาหาร(lesser curvature)
เพราะเป็นที่มีเลือดมาเลี้ยงน้อยที่สดุ และเยื่อบุเป็นอันตรายได้ง่ายเวลากล้ามเนื้อหดตัวสาเหตุสําคัญเกิดจากการเสื่อมของปัจจัยป้องกันกันเยื่อบุจากการทำลาย ส่วนใหญ่สัมพันธ์กับยากลุม NSAIDSและการติดเชื้อ H.pylori แผลกระเพาะอาหารส่วนใหญ่เป็นผลจากการอักเสบของเยื่อบุกระเพาะอาหารส่วนantrum เชื่อว่าการอักเสบนี้เป็นผลจากเชื้อ H. pylori อาจร่วมกับกล้ามเนื้อหรูดส่วน pylorus ปิดไม่สนิท ทําให้มีการไหลย้อนของสารในลำไส้เข้ากัดปลายกระเพาะอาหาร เมื่อความต้านทานของเยื่อบุกระเพาะอาหารลดลง มีการทําลาย เซลล์ เยื่อบุเป็นผลให้ hydrogen ion สามารถซึมเข้าเยื่อบุจึงมีการ ปล่อย histamine ซึ่งจะไปกระตุ้นการหลั่งกรดและ pepsinogen หลอดเลือดขยายตัว เพิ่มการซึมผ่านของหลอดเลือดฝอย เยื่อบุ ุกระเพาะอาหารบวมและสูญเสียโปรตีน เกิดวงจรการทำลายตัวเองเพิ่มขึ้นเรื่อยๆจนมีการทะลุเกิดขึ้นซึ่งส่วนใหญ่จะพบการทะลุที่ผนังด้านหน้าบริเวณสวนโค้งด้านใน การเกิดรูทะลุมากขึ้นเมื่อมีการใช้ยากลุมNSIADSเพิ่มขึ้นโดยเฉพาะในผู้สูงอาย