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2V481 : Modèles biologiques: construction, analyse, représentation…
2V481 : Modèles biologiques:
construction, analyse, représentation
NATURE : résoudre un problème
origine : à partir du réel (observation, expé
riences, littérature)
conseq : POSER des hypothèses explicites
ETAPE 2 : PRECISER LES HYPOTHSES
Conditions
ETAPE3 : EXPLIQUER LES valeurs / variations (résultats) du modèle à travers les variables
ETAPE1 : ISOLER un système = le simplifier
ETAPE4 : RELIER les éléments du modèle
TRADUIRE le problème dans un langage formel (maths/logique)
RESOUDRE le modèle construit (technique formelle/numérique)
INTERPRETER les résultats obtenus (comparaison au réel, prédictions)
BUT:WHY on modélise ?
Origine
La méthodo en bio a changé
VIVANTS= SYSTEME = COMPLEXE
text
Nécessité d’outils nouveaux
Role de ces outils : comprendre des mécanismes intégrés
nature :Outils quantitatifs new (maths/info/stats)
MECANISME CONSTRUCTION D'UN MODELE : 3 ETAPES
CARACT
Liens avec les grandes approches en biologie
Type de modèle
Connaissance
statistiques et stochastiques
Phénomènologique
Déterministes
discrets / continus
CONSTRUCTION : UN BOOOOON MODELE =
GENERIQUE
ROBUSTE
RESPECT PRINCIPE DE PARCIMONIE
NON TAUTOLOGIQUE
PART DU REEL + FINIT SUR DU REEL
reliant les niveaux d’organisation
OUTILS : COMMENT RPZ
nature des outiils : LANGAGES FORMELS
Type de langage :
MATHS
PROBA
LOGIQUE
STATS
CARACT DE CES LANGAGEQ : REPOSE SUR DES PRINCIPES/LOIS
LOIS
CHIMIQUE
STATS
PHYSIQUES
PRINCIPES
OPTIMALITE
CONSERVATION/INVARIANCE
CAUSALITE
SYMETRIE
METHODO d'ANALYSE : Comment étudier les modèlesen 3 ETAPES
ETAPE 2 : UTILISER THEORIES QUALITATIVES
catégoriser les comportementsqualitatifs
des modèles
(points d’équilibre, oscillations, stabilité
...
ETAPE 3 : SIMULER numériquement
comment ?
EXPLORER
DES MECANISMES
des comportements / leur robustesses
EXPERIMENTER IN SILICO
ETAPE 1 : REFORMULER des équations de manière analytique
PARTICULARITE