Selain unit kerja DP2IBN, masih terdapat unit kerja lain di BAPETEN yang memiliki tugas dan fungsi serupa namun untuk obyek pengaturan berbeda, di samping itu terdapat unit kerja yang berkaitan dengan hukum namun untuk non-teknis. Idealnya terjadi proses harmonisasi dan internalisasi terhadap seluruh peraturan yang disusun, terutama dengan yang terkait definisi, muatan teknis, norma, dan sejenisnya. Namun dengan berkembang pesatnya teknologi serta regulasi dan standar internasional di bidang keselamatan, keamanan nuklir, serta perubahan peraturan perundang-undangan nasional yang dalam kenyataannya sangat sulit untuk menghimpun, mensikronkan, mensinergikan, dan mengharmonisasi seluruh PUU secara komprehensif, terlebih terhadap peraturan yang belum dicabut padahal telah berusia lebih dari 20 tahun, sementara itu terdapat peraturan baru yang dianggap representatif namun ternyata kontradiktif, maka tidak mungkin untuk langsung merevisinya, dan berpotensi menimbulkan permasalahan hukum