La vittoria di Cromwell provoco ostilità e ribellioni in Irlanda e Scozia. L'Irlanda, cattolica, temeva i puritani, trionfanti in Inghilterra, mentre la Scozia voleva vendicare la dinastia Stuart, di origine scozzese. La risposta di Cromwell fu durissima: attaccò l'Irlanda, invase e sconfisse la Scozia. Cromwell rappresentava gli interessi dei commercianti, dei negozianti, della gente di mare il puntó a fare dell'Inghilterra una grande potenza navale. Emanò l'atto di navigazione che imponeva alle colonie inglesi di commerciale solo all'Inghilterra.