As bactérias usadas como indicadores de poluição da água por matéria fecal são os coliformes fecais, que vivem normalmete no organismo humano e no dos demais animais de sangue quente, existindo em grande quantidade nas fezes. Embora não sejam patogênicas, a presença dessas bactérias na água indica que ela recebeu matéria fecal e pode, portanto, conter microorganismos patogênicos, uma vez que no intestino, junto dos coliformes, podem ser liberados também diversas espécies de organismos patogênicos (ex: lombrigas, giárdias, solitárias...). Os coliformes fecais indicam que pode haver na água outros organismos patogênicos, pois os coliformes vivem no intestino humano e no dos demais animais de sangue quente, onde pode existir outros organismos patogênicos. Mas os coliformes fecais não carregam esses organismos. Podem indicar a presença deles.