Alexandre VI laisse dans la chrétienté un grave malaise qui s'amplifiera avec les années. Même parmi les historiens chrétiens, il ne trouva pas de véritable défenseur. Le nom de Borgia, notamment par la vie de son fils César, souvent représenté comme un criminel et assassin immorale, est devenu synonyme d'ambition et d'absence de scrupules. Rome, sous le pape Alexandre VI, ne connaît « ni loi, ni divinité ; mais l'or, la violence et l'empire de Vénus ».